Arı'ya emniyet ve hakimlik sorgusunda, BirGün TV'de 26 Ocak'ta Erdoğan ailesi mensuplarının 20 vakfın yönetiminde bulunmasına ilişkin yorumları, hakim ve savcı atamalarındaki usulsüzlükler, Yunus Emre Vakfı'ndaki 600 milyon lirayı aşan bir iddia ve Recep Tayyip Erdoğan'ın mezun olduğu imam hatip okulundaki tarihi yapılara ilişkin haberi soruldu. Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün, Yunus Emre Enstitüsü hakkında 23 Aralık'ta Ankara Cumhuriyet Başsavcılığına suç duyurusunda bulunduğu öğrenildi.
22 Mart Pazar akşamı adliyeye sevk edilen Arı, savcı tarafından ifadesi alınmadan tutuklama talebiyle sulh ceza hakimliğine gönderildi. Hakimlik, "adli tedbirlerin yetersiz kalacağı" gerekçesiyle Arı'nın tutuklanmasına karar verdi.
İsmail Arı, emniyet ve hakimlikteki sorgusunda sadece gazetecilik yaptığını belirterek, "Devletin bana teşekkür madalyası takması gerekirken soruşturma açılması şaşırtıcı" dedi. Gözaltı sürecinde hakkında binlerce tweet atıldığını ve Ankara ile İstanbul'da yüzlerce yurttaşın sokağa çıktığını ifade eden Arı, bunun kendisi için en büyük şeref madalyası olduğunu söyledi.
Gözaltındayken avukatları aracılığıyla bir mesaj paylaşan Arı, tutuklanması için dosyasının şişirilmek istendiğini savundu. Arı, mesajında şu ifadelere yer verdi: "Üç ay önceki bir video nedeniyle gözaltına alındım. Bayram ziyaretinden akşam alınıp 450 km kat edip Ankara'ya getirildim. Dosyama yeni tweetler ve eski videolarım eklenmeye devam ediyor. Sanıyorum ki tutuklanmam için dosya şişirilmek isteniyor. Zaten son bir yıldır beni tutuklamak için bahane arıyorlardı. Tek suçum bu ülkede gazetecilik yapmak. Gazetecilik suç değildir."
Arı’nın tutuklanmasının ardından Ankara ve İstanbul başta olmak üzere Artvin, İzmir, Samsun, Mersin, Denizli ve Malatya'da protesto gösterileri düzenlendi. Yapılan açıklamalarda, kararın basına yönelik bir gözdağı olduğu ve gerçeğin yazılmasının engellenemeyeceği kaydedildi.
Hukukçu İlhan Cihaner, süreci "gaddarlık" olarak nitelendirdi. Savcının ifade almadan sevk yapmasının rutin olmadığını belirten Cihaner, tutuklama gerekçesinin DMM'nin bir yalanlaması olmasının gazeteciliği fiilen imkansız hale getireceğini söyledi. Cihaner, "Bu haberlerin hangisi halkta endişe, korku ya da panik yaratabilir? Haberlerin neresinde kamu düzenini bozucu unsur var? Tersine kamu faydası var" diye konuştu.
